El edificio
 
La primera sede que tuvo este organismo fue en calle Rivadavia casi Ituzaingó. Posteriormente se trasladó a Av. Gral. Flores frente a “La Colonia”.
El 16 de diciembre de 1927 surge el proyecto de elevar un edificio que albergue tanto al Poder Ejecutivo Comunal como a la Junta y que fuera firmado por el Dr. Emilio Alberto Porras y Washington Torres. El edificio se construirá en un terreno propiedad del Municipio sito en Gral. Flores, Rivadavia y Alberto Méndez.
En ese predio funcionaba la primera Plaza de Deportes dirigida por el Prof. Alberto F. Suppici, la que fue trasladada hacia donde hoy todos la conocemos.
Luego del llamado a licitación, el ganador fue el Arq. Diego Nin Noboa Courrás, profesional que ya había construido el edificio del diario “El Día” y de líneas similares al Palacio.
La empresa constructora fue la firma Azzarini y Scuotegazza la que debió realizar los trabajos del edificio usando yeso, vitraux, instalaciones eléctricas y maderas de gran nobleza en puertas, ventanas, etc.
El  Palacio Municipal fue inaugurado en junio de 1933 luego de algunas demoras causadas por la interrupción institucional impulsada por el gobierno del Dr. Gabriel Terra.
El Presidente de la Corporación para ese entonces era el Dr. Ernesto González Arce y Secretario el Dr. Francisco Moreno.
Para 1933 el Intendente era el Sr. Amadeo Soler.
La Junta Departamental de Colonia cuenta con salones especiales para que sesionen las bancadas. En el ex Salón Rojo trabaja la bancada de la Mayoría y contienía muebles donados por el presidente Máximo Santos que fueron cedidos en préstamo al Museo Municipal, si se ubica un mural gigante del Desembarco de los Treinta y Tres Orientales. En el otro sector funciona la bancada de la 1ª Minoría donde tiene asiento la Biblioteca de la Corporación.
La 2ª Minoría trabaja en otra dependencia.
El asiento de la Junta también cuenta con diversas dependencias para la labor administrativa de la Secretaría General, taquígrafos, administración, etc.. La sede mantiene el estilo neoclásico arquitectónico repitiendo ornamentos que se hallan en el frente del Palacio como águilas de metal y concreto y otros. En el hall de entrada se halla un cuadro que resalta los Presidentes de la Junta Departamental a partir de 1920 y hasta la actualidad.
Sobre la sala de sesiones existe la barra donde pueden asistir los ciudadanos y la prensa para seguir de cerca las sesiones del cuerpo.
El Palacio Municipal está considerado uno de los más hermosos del Uruguay incluida la sede comunal de Montevideo. Otro dato llamativo es la unión física que tienen ambos poderes comunales. El estilo del edificio es neo-clásico, con mármol de Carrara en sus interiores (escaleras y paredes).
SALA WILSON FERREIRA ALDUNATE: Designada con ese nombre el 16/12/1988, es donde se reúne la mayoría de los ediles electos por el pueblo para discutir temas de interés general, antes de entrar a la Sala de Sesiones.
Allí se encontraba el juego de muebles del año 1882, compuesto por butacas, sillas y escritorio; que perteneció al expresidente de la República Máximo Santos y donado a la Junta por el presidente Viera en 1919. Está confeccionado en madera de ébano de gran peso y calidad, dorado a la hoja y tapizado en terciopelo rojo, y es el original. Las sillas y sillones tienen ruedas para ser movidas con más facilidad, ya que tienen un gran peso. En las esquinas de los respaldos se observan tréboles de cuatro hojas, característicos de los muebles de Máximo Santos, y en el sillón grande y el de la presidencia se observa el antiguo escudo de Armas de nuestro País. Este juego se completa con el espejo, que tiene su marco dorado a la hoja con oro 24, y  su estado es excelente. Estos muebles se encunetran actualmente cedidos en préstamo al Museo Municipal de Colonia.
El cuadro es una réplica del que pintara Juan Manuel Blanes denominado “El Desembarco de los Treinta y Tres Orientales”, cuyo original se encuentra en el Museo Blanes, en Montevideo y es mucho más grande.
Todos estos elementos son de un gran valor histórico-cultural.
SALA DE AUDITORIO: Designada el 8/3/96 en el “Día Internacional de la Mujer”, con el nombre de Francisca Antonia Arnal.
SALA DE SESIONES: Designada el 19/07/2005 con el nombre «Gral. José Artigas, Protector de los pueblos libres». Posee 16 bancas dobles, que ocupan 31 Ediles de todos los partidos políticos. La Mesa la ocupan el Presidente al centro y los Secretarios flanqueándolo.
A la izquierda se ubican los Taquígrafos, quienes escriben con signos, a mano, a la velocidad con que se habla, durante la sesión.
BARRA: Es el lugar donde el público en general puede venir a escuchar las sesiones, pero sin intervenir en ellas. Hay un lugar destinado a la Prensa.
VITREAUX: De gran colorido, fue traído desarmado para este edificio desde Francia.
PALCO DE HONOR: En él se ubican las altas autoridades que nos visitan.
SALA BALTASAR BRUM: Fue designada el 8/6/1990, allí se reúne la Bancada de la primera minoría. Además, es la Biblioteca de la Corporación y posee entre sus volúmenes el Registro de Leyes desde 1825 (Declaratoria de la Independencia) hasta el último editado. Es biblioteca privada, no pública.
SALA Gral. LÍBER SEREGNI: Se reúne en ella la Bancada de la segunda minoría. Fue designada el 22/09/2006.